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BOSS

張貼者:2010年9月19日 上午7:44未知的使用者   [ eddie liu 已於 2011年5月10日 下午8:30 更新 ]
Simulating protein-ligand interactions with MCPROBOSS的方案是一個通用的分子模擬系統,進行分子力學(MM)的計算,都會蒙特卡羅(MC)的統計力學仿真,半經驗的AM1,採用PM3和PDDG/PM3量子力學(量子力學)計算。 封面的MM計算能源最小化,正常模式分析,構象搜索與OPLS力場。 管委會可以進行模擬純液體,解決方案,集群,或氣相位系統;典型的應用包括計算機性能的一個純液體,溶劑化自由能,溶劑化作用的構象的相對能量,自由能變化沿反應溶劑化的路徑,以及結構和相對自由能的約束力的主客體配合物。 自由能變化是從統計計算擾動(配屋)理論。另外,能量的溶質,可派代表參加了質量管理方法。 坐標文件輸入/輸出PDB或摩爾格式和顯示的簡易接口。 提供廣泛的功能是為方便安裝的溶劑分子從箱中平衡溶劑包括12個共同TIP3P,TIP4P和TIP5P水或從用戶提供的溶劑的箱子,通過運行創造一個純粹的液體模擬。





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開發商:W. L. Jorgensen Research Group
原廠網址:http://zarbi.chem.yale.edu/software.html
更新日期:2011/05/11
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