MCPRO執行蒙特卡羅統計力學模擬肽，蛋白質和核酸在溶液中，它是來自老闆，但使這一概念的廣泛使用的殘留物。1.68版本不包括構象搜索，量子力學，或正常模式計算。 管委會模擬在一個可以執行定期溶劑中，在溶劑組，或在連續介質包括氣態。 能量最小化也可以與多個優化服務，包括共軛梯度。 核磁共振限制（未受到觀察和扭轉角）可以添加通過核磁共振結構改進模擬退火。 自由能的變化可以通過計算機計算和燃料濃縮廠已廣泛用於研究蛋白質配體結合。