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SimGlycan

張貼者:2010年9月19日 上午7:46未知的使用者   [ eddie liu 已於 2011年5月10日 下午8:30 更新 ]
SimGlycan software performs Glycan and Glycopeptide Analysis by predicting theoretical glycan structures and fragments.SimGlycan ®預測聚醣和糖肽結構用質譜數據。 SimGlycan ®接受實驗的MS / MS數據所產生的質譜儀,火柴他們與自己的數據庫理論產生的碎片和一個可能的候選人名單結構。
每個結構是如何緊密地得分,以反映它符合你的實驗數據。 其他生物信息糖鏈的結構,如可能的聚醣類,反應途徑和酶,也可供參考。

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開發商:PREMIER Biosoft International
原廠網址:http://www.premierbiosoft.com/glycan/features/glycoproteins.html
更新日期:2011/05/11
採購正式版、大量授權報價、技術支援、軟體諮詢、委託採購、詢問報價請來電 02-29299388 分機16 , 
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魯棒糖鏈和糖肽數據庫

該 SimGlycan ®數據庫是一個龐大的關係數據庫,其中包括9560多聚醣,22814糖蛋白,5876聚醣與已知生物來源,6231聚醣與已知的類,263生化反應,生化途徑 194,250聚醣酶和9521其他相關數據庫鏈接。 該數據庫不斷更新的信息額外聚醣出版。


綜合結果分析

對於每一個可能的聚醣結構,SimGlycan ®提供聚醣片段,結構,序列,組成,糖鏈的質量,一流,反應,通路,酶和其他數據庫鏈接(CarbBank,糖組分貝,JCGGDB)。

SimGlycan ®接受實驗米/ z和強度值均發表聚醣和糖肽。 它允許你指定的天線數量,減少終端單糖和非還原末端單糖預期的結構,從而提高了準確性,最終搜索結果。 SimGlycan ®可以直接載入的文件自動生成的質譜儀從 AB SCIEX公司(TripleTOF™5600系統,飛行時間 /飛行時間 5800,4800加的MALDI TOF / TOF的™分析器,4000 QTRAP ®和QStar ®優秀系統)和布魯克道爾頓(ultrafleXtreme™電離飛行時間 /飛行時間,飛行時間的UltraFlex™電離 /飛行時間,飛行時間和飛行時間的autoflex™/飛行時間,明訊™點鐘飛行時間,micrOTOF™,micrOTOF - Q表™,solariX™QQ號 - FTMS,和亞馬遜™離子阱系列)。 其他質譜儀是支持使用mzData和mzXML。 不管是什麼使你的工具,輸出可以被轉換為這些格式使用第三方工具。


高通量分析

快速的進步,使得高通量質譜為聚醣試驗鑑定。 為了保持這種進步的步伐,SimGlycan ®可以分析的LC -串聯質譜含有數百運行在批處理模式下的掃描。 此外,用戶可以創建和使用搜索參數模板,可以適用於所有數據集。


項目管理

SimGlycan ®提供了一個全面的項目管理,關聯結果與輸入個人資料和搜索參數。 你可以打開任意數量的項目。每個項目最多可裝載1500微軟的介紹。 這些項目可分為在此基礎上源,實驗室或研究目的。 這一點很重要,特別是在開展大規模的聚醣分析項目。

您可以訪問有關的信息聚醣在點擊一個按鈕。 不同於基於網絡的應用,SimGlycan ®保存在你自己的計算機。 現有的信息包括:

糖鏈結構: 顯示的分子結構(碳水化合物序列)的糖鏈。

糖鏈片段: 顯示名稱,結構,米/ Z值和群眾用土門科斯特洛規則碎片。 序列號分配給每個片段。

我)糖苷類的碎片:單糖苷和糖苷/糖苷片段顯示。

2)過環的碎片:單跨環和糖苷/交叉環片段顯示。

糖肽結構: 顯示肽序列和蛋白質的糖基化的網站隨著糖鏈結構。











Robust Glycan and Glycopeptide Database

The SimGlycan® database is a large relational database containing 9560 glycans, 22814 glycoproteins, 5876 glycans with known biological sources, 6231 glycans with known classes, 263 biochemical reactions, 194 biochemical pathways, 250 glycan related enzymes and 9521 other database links. The database is continuously updated as information on additional glycans is published.


Comprehensive Result Analysis

For every probable glycan structure, SimGlycan® provides glycan fragments, structure, sequence, composition, glycan mass, class, reaction, pathway, enzyme and other database links (CarbBank, Glycome db, JCGGDB).

SimGlycan® accepts experimental m/z and intensity values of both released glycans and glycopeptides. It allows you to specify the number of antennae, reducing terminal monosaccharide and non-reducing terminal monosaccharides expected for the structure, thereby enhancing the accuracy of the final search result. SimGlycan® allows direct automatic loading of files generated by mass spectrometers from AB SCIEX (TripleTOF™ 5600 System, TOF/TOF 5800, 4800 Plus MALDI TOF/TOF™ Analyzer, 4000 QTRAP® and QSTAR® Elite Systems) and Bruker Daltonics (ultrafleXtreme™ MALDI TOF/TOF, ultraflex™ MALDI TOF/TOF, autoflex™ TOF and TOF/TOF, maXis™ UHR-TOF, micrOTOF™, micrOTOF-Q™, solariX™ Qq-FTMS, and amaZon™ ion trap series). Other mass spectrometers are supported using mzData and mzXML. No matter what make your instrument is, the output can be converted to these formats using third party tools.


High Throughput Analysis

Rapid advancement in mass spectrometry enables high throughput experimentation for glycan identification. To keep pace with such advancements, SimGlycan® can analyze LC-tandem MS runs containing hundreds of scans in batch mode. Furthermore, users can create and use search parameter templates that can be applied to all data sets.


Project Management

SimGlycan® provides a comprehensive project management, associating results with input profile and search parameters. You can open any number of projects. Each project can load up to 1500 MS profiles. The projects can be classified on the basis of the source, the lab or the research goal. This is important, especially when conducting large scale glycan analysis projects.

You can access glycan related information at the click of a button. Unlike web based applications, SimGlycan® saves it on your own computer. The available information consists of:

Glycan Structure: Displays the molecular structure (carbohydrate sequence) of the glycan.

Glycan Fragments: Displays the nomenclature, structure, m/z value and mass using Domon Costello rules of fragmentation. A serial number is assigned to each fragment.

i) Glycosidic Fragments: Single glycosidic and glycosidic/glycosidic fragments are displayed.

ii) Cross ring Fragments: Single cross ring and glycosidic/cross ring fragments are displayed.

Glycopeptide Structure: Displays the peptide sequence and the sites of protein glycosylation along with the glycan structures.